微型电器用燃料电池电源，应具备的特征是体积小、质量轻、洁净、安全、价格与普通电池相当。要达到上述目标，有一些技术上的难题要克服。
传统的燃料电池都是双极的，需要微孔性、导电的隔板，每个单电池还需要4个空气密封垫。以一个输出电压为3. 6V的移动电话电池为例，单电池的电压为0. 6V,要用6个燃料电池，就得有24个气体密封垫，费工又费料，造成高成本。而且在潮湿的环境里，电子和机械部件的腐蚀和老化问题也比较突出。
另一个主要难题是燃料问题。氢气供应可采用储氢合金。但充氢需要高压氢气源。现在还没有商业化的高压氢气源。微型燃料电池电源的优势，有可能被氢气供应装置的质量和体积抵消。