燃料电池使用易燃气体(如H2)作燃料，而带电刷的电动机工作时可能产生电火花，选择时要慎重。
三相异步电动机在各种机械中广泛使用，技术成熟，价格低廉，但调速性能差，功率因数低。在燃料电池发电系统中可使用三相异步电动机，因为直流电可经逆变器变换为三相交流电。
直流电动机比异步电动机结构复杂，价格高，维护值大。但它的调速性能好、效率高。在对调速要求高时适用。燃料电池系统中常用的两种直流电动机是无刷直流电动机(BLDG)和转折磁阻电动机(SR) o BLDC也被称为永磁同步电动机或变频同步电动机，被广泛应用在电子计算机设备中，如软磁盘驱动器、光碟驱动器和散热风扇。SR近年来被大量采用。它的转子转速较高，特别适用于径流式压缩机和风扇。
选择电动机，种类不是最主要的因素，主要因素是电动机效率。电动机功率越大，效率越高。相同功率的电动机，转子转速越高，尺寸和质量越小，效率也越高。