DMFC中甲醇的渗透受甲醇浓度、温度、膜厚度和电流密度等因素的影响。
电池的开路电压随着甲醇的浓度增大而降低。这主要是由于浓度越高，甲醇透过膜的渗透会加剧，从而导致了较低的电池性能。在高浓度的甲醇情况下，通过直接穿透Nation膜的甲醇量占燃料总量的比例可高达40%。同时，甲醇对阴极产生的毒化作用增强，阴极的性能会明显降低。
甲醇的渗透率随温度的上升而增加。Nafion 115膜在I mol/L甲醇中的渗透和膜面积电阻率随温度的变化如图8-4所示。在80℃以下，甲醇溶液以液体进料。甲醇的渗透随温度的升高而增加，在20℃时为56mA/cm2，在80℃时提高到21一mA/cm2，同时Nafion的面积电阻率由0. 40n·cm2cm降低到0. 1411·cm2cm。在105℃，甲醇和水均以气体进料，此时甲醇的渗透减少而电阻增加。这是由于膜中没有足量的水，膜的表面特性发生变化，疏水性增强，质子导电性降低。
膜的厚度对甲醇的渗透有重要的影响，甲醇的渗透速率与膜的厚度成反比，随着膜厚度的增加，甲醇渗透量减少。有研究发现，当膜的厚度从127nm增加到356nm时，甲醇的渗透可减少约40%-50%，这是因为当膜的厚度增加时，甲醇在膜中的传质阻力会不断增大。膜的当量对甲醇渗透也有影响，当量大的Nafion膜具有较低的甲醇渗透率，因为当量大的膜其膜内传质阻力较大。
电流密度对甲醇渗透率的影响来自两个方面。一方面，随着电流密度的增加，阴极生成的水量会增加，这样可以减少甲醇渗透。另一方面，随着电流密度的增加，甲醇的利用率也会提高，从而降低了甲醇渗透量。