燃料电池的种类很多，分类方法也有多种。主要的有两种：一是根据燃料反应过程将燃料电池分为直接燃料电池、再生
燃料电池与非直接燃料电池。与一次、二次电池相对应，燃料电池也有直接的和再生燃料电池，前者电池反应物被排放掉，而后者可将产物再生为反应物。第三种电池为非直接燃料电池，分为两种类型。一种是对有机燃料的加工，使其转变成氢;另一种是生物化学燃料电池，生化物质在酶的作用下产生氢。
直接燃料电池进一步的细分是依其工作温度分为低温、中温、高温及超高温，对应的温度范围分别是25一100`C , 100-5001 ,500 --1000℃及大于10001。不同温度范围使用的燃料电池的类型，其中有些燃料是可以直接利用的，如氢。有机化合物然料需经重整后使用，如烃类、醇类等。碳或石墨也可考虑作m料。已使用的含氮燃料是氨、脱(NH,-NH,，又称联氨)。在所有实际燃料电池中使用的氧化剂是纯氧或空气。
最常用的分类方法是根据电解质的性质。将燃料电池划分为五大类，碱性燃料电池AFC (Alkaline Fuel Cell),磷酸燃料电池
PAFC (Phosphorous Acid Fuel Cell)、熔融碳酸盐燃料电池MCFC( Molten Carbonate Fuel Cell)、固体氧化物燃料电池SOFC ( SolidOxide Fuel Cell)、质子交换膜燃料电池PEMFC (Proton ExchangeMembrane Fuel Cell)。