虽然燃料电池不是热机，但电极反应产生余热，而且必须将热量从燃料电池排出。排出热量的处理，必需根据系统的大小、余热的温度和系统安装地点的特殊需要。处理的方式有散热、共发热(生产蒸汽和热水)、共发电(汽轮机发电、蒸汽轮机发电)，可以单一方式处理，也可以同时用几种方式处理。
当排出的热量少或温度低时，余热可以散热排出、生产热水或低压蒸汽。在PAFC系统中，运行温度约205'C，产生蒸汽的压力不超过1. 4MPa。不论蒸汽量多少，该压力对于蒸汽轮机的后发电循环是不够的。SOFC在1000℃运行，电池堆尾气在对空气预热后，温度约为815'C，温度如此高的气体可以生产超过540℃的蒸汽，满足后发电循环的要求。但是，即使是在SOFC系统中，如果余热的量较少，常用的处理方式是生产蒸汽和热水。
一项研究表明，50kW一2MW SOFC系统产生的余热适于生产0. 8MPa水蒸气。当尾气温度和压力足够高、数量足够大时，可增加后发电循环(Bottoming cycle)以提高系统总的发电效率。高压气流首先通过汽轮机发电，汽轮机尾气热量用于蒸汽发生器产生蒸汽.再通过蒸汽轮机发电。