天然气的成分因产地不同而有所不同，但主要是甲烷，其他成分有低分子碳氢化合物、氮气和二氧化碳。多数天然气含有少量硫，以H'S, COS的形式存在。在所有的化石燃料中，天然气最为洁净，其燃烧产物对环境的影响也最小。这一性质对天然气制氢很重要，可以减少副产物、减少环境污染。需要注意的是，有时天然气中的硫化物是人为加进去的，作为检测泄漏的气味剂。
基于提高热值或提高燃烧速度等考虑，许多天然气公司在天然气中加人其他成分。例如在用气高峰期，加人丙烷——空气混合物或丁烷——空气混合物。因此，尽管甲烷是天然气的主要成分，其他成分对燃料电池的影响也必须考虑，这也可能增加了天然气制氢的困难。
天然气中最主要的杂质是含硫化合物，包括HZS, COS和有机硫化物。硫是蒸汽重整Ni催化剂及许多阳极反应催化剂(如Pt)的抑制剂。低浓度的硫在Ni催化剂上的吸附是可逆的，改用不含硫的进料或只通水蒸气，数小时后，吸附的硫即被除去。当硫在Ni表面累积形成胶状硫时，将使催化剂永久失效。硫对Ni催化剂的毒性随温度的升高而降低。SOFC耐硫浓度高于MCFC。时间对催化剂中毒有显著作用。在固定床蒸汽重整反应器中，开始时只是在催化床底部吸附窄窄的一条，慢慢扩大到整个催化床。再随着反应气体进人下一段反应，毒化水气置换反应的催化剂，甚至毒化燃料电池阳极催化剂。
因此，对于任何碳氢化合物的重整制氮，都必须进行原料脱硫。脱硫后硫的含量应低于0.3 mg/衬。