DMFC直接使用液态燃料，无须重整或储氢装置，具有系统结构简单、燃料补充方便、能量密度高等优点，适用于APU电源。系统集成是DMFC的关键技术之一。
DMFC电池堆的集成涉及系统的设计、优化，系统内传质、反应、水热管理、物料平衡等。周边系统包括微型的泵、阀、扇、直流转换器、传感器等部件或集成。美国摩托罗拉公司开发了一款1W微型DMFC样机，用于蜂窝电话的台式充电器。另一款改进型的样机也在计划中。
样机系统中，各部分占系统总体积的比例分别为，电池堆19%，燃料容器22%，连接件和死体积49%，混合器4%,空气扇2%，电子元件2%，泵1%，其他1%。连接件和死体积占了几乎一半，优化和集成的空间很大。