甲醇、甲酸、甲酸甲醋等在不同的催化剂上都可能存在。这些物质是平行反应的产物还是连续反应的中间物，还需进一步研究。但无论是平行反应还是连续反应，均降低DMFC的效率。平行反应使甲醇不能释放6个电子，完全氧化生成COZ，降低燃料的利用率。连续反应中的强吸附中间物则需要克服较高的过电位才能氧化除去。
水在甲醇的氧化过程中，既是产物又是反应物，起着提高活性氧的作用。
Pt基合金催化剂中其他金属成分在反应过程中的作用可能有几个方面。通过电子作用修饰Pt的电子性能影响甲醇的吸附和质子脱离过程，减弱中间产物在金属表面的吸附强度，促进水的吸附解离生成含氧物质。添加不同的组分可以起到上述一种或几种作用。