由于甲醇是世界各国发展电动汽车用燃料电池的首选燃料，因此，作为长期的发展，直接甲醇燃料电池的研究开发也将是各国的研究开发重点，如美国能源部(DOE)、日本新能源产业技术开发署(NEDO)以及欧盟第五框架项目(European Commis-sion 5'hFramework Programme)。
尽管DMFC的优势明显，但其发展却比其他类型燃料电池缓慢，主要原因是目前DMFC的效率低。甲醇的电化学活性比氢低3个数量级。另外，甲醇的催化重整反应温度比其他有机物低，因而，在短期内，从技术和效益方面考虑，使用甲醇重整燃料电池更合适。但从长远看，理想的燃料电池将直接应用甲醇为阳极反应物。
目前DMFC研究开发依然面临严重的挑战。常温下燃料甲醇的电催化氧化速率较慢，贵金属电催化剂易被Co类中间产物毒化，电流密度较低，电池工作时甲醇从阳极至阴极的渗透率较高等。